香格里拉基地成立于2006年，任务是面向大香格里拉、三江并流、古茶马古道三个自然文化区域，组织安排科考项目，开展科普知识宣传，利用协会专业优势，开展区域内科研科普活动。基地成立以来，完成了大香格里拉大型综合考察，大香格里拉高端学术研讨会，策划了香格里拉大型综合考察一周年纪念活动等。